脑囊虫病由猪肉绦虫幼虫引起。在所有引起脑部感染的蠕虫中，猪肉绦虫是导致西半球绝大多数脑部感染的原因。
在食用了被囊尾蚴卵污染的食品后，胃分泌物可使卵孵化成幼虫。幼虫进入血流并分布到身体的所有部位，包括脑和脊髓。幼虫形成囊肿（封闭在防护壁内的幼虫群）。（囊肿引起的感染称为囊虫病，当在脑部形成囊肿时，称为脑囊虫病。） 这些囊肿很少导致症状，但囊肿退变和幼虫死亡可触发炎症反应、肿胀以及诸如头痛、癫痫发作、人格改变和精神障碍等症状。
有时囊虫可阻止脑脊液在脑室内流动，压迫脑组织。这种疾病称作脑积水。脑压增高可引起头痛、恶心、呕吐和嗜睡。
囊肿可能破裂并溢出其内容物进入脑脊液，导致脑膜炎。
如果不治疗，脑囊虫病患者可能会死亡。
对生活在或来自资源匮乏国家并有典型症状的人，医生会怀疑脑囊虫病。磁共振成像（MRI）或计算机断层扫描（CT）常可显示囊肿。但仍需血液测试和脊椎穿刺（腰穿）获取脑脊液样本来明确诊断。偶尔需要囊肿活检。
这种感染可用阿苯达唑或吡喹酮进行治疗（用于治疗寄生蠕虫感染的药物，称作驱虫药）。但是，如果某人有很多囊肿，驱虫药可能会杀死许多微生物，导致脑部严重肿胀。医生会仔细地为每个人量身定制治疗。皮质类固醇激素可减轻幼虫死亡所致的炎症反应。
癫痫发作用抗癫痫药物治疗。
偶尔需手术治疗——放置一个引流管（分流器），引流过量脑脊液并缓解脑积水。分流器是一根置于脑室内的塑料管。引流管通过皮下，直至腹腔，这样便可把过多的脑脊液引流到腹腔。还可能需要从脑中去除囊肿的手术。