杰克逊·马丁内斯在哥伦比亚足球甲级联赛球队麦德林独立开始职业足球生涯。他在2009赛季第二阶段联赛中射进18球，成为联赛最佳射手，并打破莱德·普莱西亚多保持的17个进球的最高纪录。
2009年下半年，麦德林独立和K联赛球队蔚山现代就马丁内斯的转会事宜达成协议，但由于合同条款并没有达成一致，最终马丁内斯没有加盟蔚山现代。2010年，他转会加盟墨西哥足球甲级联赛球队恰帕斯美洲虎，2012年春季联赛成为球队队长。
2012年7月7日，马丁内斯以880万欧元的身价加盟葡萄牙足球超级联赛球队波尔图，违约金为3500万欧元。
2015年7月1日，葡超球队波尔图在官网上宣布，西甲球队马德里竞技激活了球员马丁内斯(Jackson
Martinez)的3500万欧违约金条款，这名哥伦比亚国脚将成为床单军团一员，他将签约4年。在过去三个赛季，他代表波尔图出场133次，打入92球，这名前锋的到来也将接替曼朱基齐离队的位置。
2015年7月16日，西甲球队马德里竞技官方宣布，杰克逊·马丁内斯正式加盟。直到年底，代表马德里竞技各项比赛出场22次仅仅打入3球并有2次助攻，没有表现前葡超金靴的实力。
2016年2月3日，《阿斯报》以及塞尔电台等多家西班牙媒体的证实，中超冠军广州恒大以4200万欧元的价格从西甲马德里竞技队引进哥伦比亚前锋杰克逊·马丁内斯。马丁内斯也成为了中超历史上的新标王。《阿斯报》等西班牙媒体也贴出了马丁内斯与恒大签约的照片，包括恒大总经理刘永灼，马竞的多位高管以及马丁内斯的经纪人门德斯等人都出现在了这张照片中。《阿斯报》最初爆料的转会费4500万欧，不过签约后进行了修正，最终的转会费为4200万欧，这依然成为了中超引援历史上的最高身价。
2016年5月21日，哥伦比亚国家队主帅佩克尔曼公布了参加今年夏天百年美洲杯的23人名单，杰克逊-马丁内斯和瓜林两名在中超赛场踢球的球星都没有入选，彻底无缘今年夏天的美洲杯。
虽然法尔考和杰克逊·马丁内斯两名前锋都很有名气，但是两人在英超和中超的发挥都不尽如人意。其中，法尔考在英超单赛季打入1球，无法获得征召是情理之中。杰克逊·马丁内斯在恒大也陷入了低迷，在中超和亚冠出场9次，仅仅有3球进账。效力上海申花的瓜林没有进入40人初选名单，虽然一度是佩克尔曼的爱将，但是来到中超后，瓜林也遭到了弃用。
2018年9月1日，葡超球队波尔蒂芒人召开发布会，宣布签下广州恒大的哥伦比亚前锋杰克逊·马丁内斯。
2019年8月16日，葡超队俱乐部已经正式签下杰克逊·马丁内斯，他的合同将在2021年到期。